Минералошка збирка Петролошка збирка Палеоботаничка збирка Збирка палеозојских фосилних бескичмењака Збирка мезозојских фосилних бескичмењака Збирка кенозојских бескичмењака Збирка академика Петра Стевановића Палеонтолошка збирка Надежде Крстић Збирка фосилних нижих кичмењака Збирка терцијарних ситних сисара Збирка терцијарних крупних сисара Збирка квартарних крупних сисара
Када је 1895. године Збирка основана, њен иницијални фонд чинили су минерали преузети из Велике школе. Данас садржи око 15.000 примерака са простора бивше СФР Југославије, Србије, СССР, Аустрије, Швајцарске, Италије, Немачке, Аустралије. Највећи део материјала сакупљен је на терену, а многобројни примерци су добијени и разменом са другим збиркама, или као поклон. Поред атрактивног изгледа, минерали и кристали имају и изузетан музеолошки и научни значај. Својом лепотом истичу се примерци кварца, аметиста, малахита, граната и многи други. Међу најлепшима су у целом Свету познати минерали из рудника Стари Трг (Трепча), који се експлоатише од XI века, а одакле је немачки рудар Фридрих Шумахер у периоду 1945-1950. скупио око 800 примерака. Јадарит, по хемијском саставу веома сличан измишњеном криптониту са Суперменове планете, стигао је у Збирку из Јадра 2007. Метеорити, гласници из свемирских даљина представљају значајан део Збирке. Највреднији су јелички и сокобањски, карактеристичан по саставу, и из групе најтежих метеорита димитровградски који је пречника само 45 цм а има тежину од 100 кг.
Збирку чини око 10.000 примерака фосила бескичмењака који су живели у мезозоику (пре око 250-65 милиона година), геолошком добу које су обележиле бурне и драматичне промене у изгледу земљине површине и у саставу живог света. Ту се налази изузетно разноврстан, бројан и добро очуван палеонтолошки материјал сакупљан током више од сто година са подручја Балкана, Пољске, Француске, Немачке, Алжира, Либије и Ирака. Већ у другој половини XIX века, на првим геолошким теренским ексурзијама, сакупљени су фосили брахиопода, шкољака, пужева и морских јежева. Прве примерке у Збирци обрађивали су далеке 1905. Димитрије Антула и Петар С. Павловић, утемељивачи геологије и палеонтолгије у Србији. Већина мезозојских морских организама у рецентној (савременој) фауни нема представнике и њихови фосилни остаци представљају јединствене и непоновљиве животне облике који сведоче о условима живота тога доба. Посебан музеолошки, научни и едукативни значај имају делови Збирке који представљају референтни матријал за бројне монографске студије бескичмењака Србије и Балканског полуострва. Амонити (слични данашњем наутилусу) из јуре сакупљени у Ђердапској клисури (профил Гребен) представљају типски материјал за ову групу животиња у југоисточној Европи. Поред тога, права су природњачка реткост јер су једини сачувани примерци са овог локалитета који је изградњом бране потопљен. Примерци корала из доње креде пронађени у источној Србији су холотипови на основу којих су описане нове врсте за науку. Љуштуре рудистних шкољки које су достизале величину и преко 1 м, откривене у источној и западној Србији сведоче да су ту некада постојали морски спрудови.
Збирка обухвата преко 300000 фосилизованих остатака представника бескичмењака претежно терцијарне старости са територије Балкана, Чешке, Аустрије, Мађарске, Румуније, Италије и Ирана. Настала је 1939. године као легат академика Петра Стевановића (1914-1999), који је прве године свог дугог радног века провео у Природњачком музеју. Најзаступљенији су примерци из неогена старости до 15 милиона година. Поред мекушаца у збирци се налазе фосилизовани остаци представника и других бескичмењака (трилобити и криноиди старости до неколико стотина милиона година), као и микрофауна и др. У геолошком времену у збирци су најмлађи представници квартарних мекушаца (старост до неколико десетина хиљада година). Како је највећи део свог радног века П. Стевановић провео као професор на Рударско-геолошком факултету, Збирка садржи и материјал сакупљан за израду дипломских радова студената. Најзначајније место у збирци заузимају холотипови таксона нових за науку, као и ретке врсте. Већи део Збирке коришћен је за израду едиције Геологија Србије (1977), као и других стручних и научних радова, првенствено из области стратиграфије и палеонтологије, а затим палеоекологије, палеогеографије и др.
Основана 1996, Збирка је легат др Надежде Крстић, а чине је фосилизовани остаци остракода (љуштуре у виду два овалнобубрежаста капка) који су живели у терцијару (пре 50-2 милиона година). По свом обиму (преко 3.000000 примерака) и садржају Збирка је референтна за проучавање остракода јужне Европе из доба терцијара. Материјал је сакупљан на широком подручју средње и јужне Европе, првенствено на Балканском полуострву. Као компаративни материјал значајни су примерци које је Н. Крстић добила разменом са стручњацима из других подручја. Ту се нарочито истиче материјал из земаља бившег СССР-а, као и из Јадранског мора који су сакупили стручњаци из Италије. Посебну научну вредност представља 250 холотипова, односно примерци на основу којих су описане до тада у науци непознате врсте, као и неколико родова и трибуса и једна подпородица. Великом броју врста научна имена су дата по значајним личностима, као на пример по Јосифу Панчићу (Reticulocandona pančići), Николи Тесли (Cypria teslae), Михајлу Пупину (Qinghaicypris pupini), Михајлу Петровићу Аласу (Caspiola alasi), Милошу Црњанском (Ilyocpriscrnjanski), Лази Костићу (Neglecandona kostići), или по локалитету на коме су нађене: Cyprideis singiduni (Београд), Caspiolabeočini (Беочин), Semicytherura slavonica (Славонија), Moenocypris montenegrina (Црна Гора), Candona strumice (Струмица), Candona corinthi (Коринт), Candona hvosnoica (Хвосно-средњовековни назив за северни део Метохије).
Збирка фосилних нижих кичмењака обједињује фосилизоване остатке риба, водоземаца, гмизаваца и птица. Једна је од најмлађих у Природњачком музеју јер је као посебна збирка издвојена крајем 1999. године из фонда фосила кичмењака. Садржи примерке сакупљане у последњих педесетак година са налазишта терцијарних и квартарних фосила широм Србије. Мањи број примерака добијен је разменом или као поклон од других музеја и појединаца из земље и иностранства. Примерци у збирци пружају драгоцене податке у откривању промена карактеристика и састава фауне овог подручја током последњих петнаестак милиона година.
Збирка је основана 1990. године и обухвата око 5000 фосилизованих остатака (кости и зуби) преко 100 врста ситних сисара (Micromammalia) који су у терцијару (од олигоцена до еоплеистоцена, пре око 25-2 милиона година), живели на Балканском полуострву. Најзаступљенији су фосили нађени у миоценским копненим и језерским наслагама у централној Србији. Најстарији примерци у Збирци потичу из седимента околине Велеса у Македонији, а најбројнији су са локалитета у Србији: Рековац (Сибница), Мионица (Врачевићи), Краљево (Тавник). Како су зуби сисара, као што су: слепи мишеви, бубоједи, кунићи и глодари веома ситни, из седимената у којима су се сачували милионима година издвајају се просејавањем кроз специјална сита. Збирка је од изузетног музеолошког и научног значаја јер су сви примерци нађени први пут на нашем подручју, а олигоценске врсте из Угљевика у Босни и Херцеговини припадају ендемичној фауни са до тада непознатим родовима. Саставни део Збирке је и компаративни материјал глодара који потиче са неколико локалитета у Грчкој и Турској. Део Збирке послужио је за израду монографије о распрострањењу и миграцији терцијарних сисара Евроазије (Марковић, З. 2003: The Miocene small mammals of Serbia. In: Reumer, J. W. F. & Wessels, W., eds: Distribution and migration of Tertiary mammals in Eurasia) коју је издао Природњачки музеј у Ротердаму.
У Збирци, која је основана 1990, налази се преко 10000 примерака остеолошких (кости) и одонтолошких (зуби) фосилизованих остатака преко 60 врста ситних сисара (слепи мишеви, бубоједи, кунићи, глодари) који су живели у квартару (пре око 180 хиљада година до данас). Највећи део материјала потиче из Србије (Лазарева пећина, Мандина пећина, пећина Верњикица, пећина Вагица, Врелска пећина, Венчац, Мироч итд.), али и мањи део нађен у пећини Басам у Израелу такође је вредан део Збирке. Фосили су пронађени у седиментима који су се током Ледених доба (плеистоцен, пре око 180-11 хиљада година) формирали у пећинама, поткапинама, вртачама и лесним наслагама, као и растапањем бреча (кости уклопљене у кречњак или бигар). Како су облик и структура зуба карактеристични за врсту, највреднији део Збирке представљају њихови фосилизовани остаци јер омогућавају најпоузданију идентификацију припадности одређеној врсти. Збирка је јединствена по заступљености представника већег броја врста које су живеле у плеистоцену (пре око 2 милион година до пре 20 хиљада година), од којих су многе на овим просторима први пут откривене, и сведочи о диверзитету сисара Балканског полуострва тога доба. Делови Збирке послужили су за израду многобројних научних радова, као и докторских и магистарских теза.
Збирка, основана 1895, обухвата око 7000 примерака фосилизованих костију и зуба крупних сисара који су током неогена (пре око 25-1,8 милиона година) живели на простору Балканског полуострва. Најбројнији и за палеонтолошка истраживања најзначајнији је материјал пронађен у Топличкој котлини и Брајковцу (околина Лазаревца), као и код Велеса (Македонија). Прeовлађују предстaвници животиња из степских предела као што су изумрли сродници данашњих хијена, слонова, коња, жирафа, јелена, антилопа и газела. У Збирци се налазе и остаци врста које су први пут откривене на нашим просторима што јој даје не само музеолошку, већ и изузетну научну вредност. У целини Збирка је значајна за реконструкцију и тумачење догађаја и процеса у времену и простору.
Збирку чине фосилизовани остаци крупних сисара из доба квартара (пре око 1,8 милиона година до данас) нађени на подручју Србије. Основана је 1895, а најстарије примерке су сакупили први српски природњаци. Највећи број од укупно 8000 примерака припада сисарима (пећински медвед, пећинска хијена, мамут, јелен, бизон) који су живели у периоду плеистоцена (пре око 1,8 милиона година до пре 10 хиљада година), а њихови остаци (делови скелета и зуби) сачували су се у алувијалним и пећинским седиментима. Поред музеолошког и едукативног, Збирка има изузетан научни значај јер сведочи о животињама које су у далекој прошлости живеле на простору данашње Србије. Служи и као база за израду магистарских и докторких теза, као и многобројних научних и стручних радова.